マチルダさん

どうしても ̄(チルダ)がリンク先に含まれている場合、そこをクリックすると文字化けしてリンク先にいけません。

原因としては、HTML/XML 方面 - Safari 1.0 beta の標準仕様の実装がヤバイ点など(ねこめしにっき)に書かれていますけども、文書の文字コードEUC_JP である場合に起きるようです。これは Safari 側でエンコード/デコードするのが妥当と思われますし、今のところそれができていないということはバグとも取れます。
で、現時点での解決策としては、Safari Developer News にて配布されている WebCoreHMDTv60 を入れるか、Hetima:Safari の HetimaSafariHack.ape (要Application Enhancer)を入れるか、どちらかだと思います。